ไวพจน์ อาภรณ์รัตน์ เป็นหนึ่งในแกนนำที่ถูกออกหมายจับในช่วงบ่ายของวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2552 ตามหมายจับ พ.ร.ก.ฉุกเฉิน และเป็นหนึ่งในแกนนำที่ถูกออกหมายจับตาม พ.ร.ก.ฉุกเฉินฯ ในข้อหาร่วมกันก่อการร้ายและสนับสนุนการก่อการร้าย ตามกฎหมายอาญามาตรา 135/2 ด้วย[8]เขาเคยจำคุกในคดี เหตุการณ์ก่อความไม่สงบของกลุ่ม นปช. เมษายน พ.ศ. 2552 ในศาลชั้นต้น ในวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2558 ต่อมาใน วันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2558 เขาได้รับการประกันตัวในวงเงิน 8 แสน บาท เขาจำคุกในวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2560 ตามคำตัดสินของศาลอุทธรณ์ในคดีดังล่าว และไม่ได้รับการประกันตัวในวันดังกล่าว